Întemeiat de grecii din Milet, în sec. al VII-lea î.e.n., orașul a fost locuit până în sec. al VII-lea e.n. când, după 12 secole de existență, a fost părăsit. După alte 13 secole nu se cunoștea nici locul unde existase. În anii 1914-1916 și în anii 1921-1927, istoricul și arheologul Vasile Pârvan a început aici săpături care au dus la descoperiri valoroase. Săpăturile au continuat apoi și în anii comunismului. Astfel a fost scos la lumină unul din cele mai vechi orașe de pe teritoriul țării. La Histria se văd astăzi urmele mai multor orașe suprapuse în timpul a 12 secole.
Într-adevăr, la întemeiere, în sec. al VII-lea î.e.n., pentru apărare în partea dinspre uscat, la vest, orașul avea un zid gros de 4 m, întărit din loc în loc cu turnuri puternice. În secolele al VI-lea și al V-lea î.e.n. orașul ajunsese la un mare stadiu de dezvoltare. Pe promontoriul din nord al platoului s-a descoperit o ”zonă sacră”, cu templul Afroditei și un alt templu de marmură, ale cărui ruine se văd și azi. În secolele III-II î.e.n. portul a început să se înnisipeze. Din această perioadă se văd urmele zidului elenistic. În Balcani s-au instalat triburi celtice, iar la gurile Dunării, bastarnii. În aceste condiții, în sec. I î.e.n. orașul s-a pus la adăpostul stăpânirii romane, intrând într-o nouă perioadă de prosperitate. Din această vreme s-au descoperit și se văd ruine ale unor locuințe construite cu grijă, temple, terme, tuburi de apă adusă din vest, de la 30 km.
În anul 248 e.n., orașul a fost distrus de goți. Refacerea a început pe la sfârșitul sec. al III-lea e.n. când s-a ridicat și un nou zid în jurul cetății. Zidul acesta nou de apărare s-a înălțat cu 90 m mai spre oraș și nu numai în partea de apus, ci de jur-împrejurul incintei. A fost un zid puternic, întărit în sec. IV-VI e.n. cu 3 mari turnuri de apărare și 5 bastioane. Urmele acestui zid se văd și azi. Înăuntrul cetății s-a aflat o piață mare, iar în dreptul ei s-a descoperit temelia unei biserici creștine și mai încolo, spre sud-est, urmele altei biserici creștine mai mari. În afara zidului s-au găsit urmele unei bisericuțe mici.
La sud, piața este limitată de o bazilică de mari proporții și de un mare edificiu, datând din sec. V-VI e.n. De altfel, în sectorul de sud-est al incintei se află și azi urmele unor edificii publice, printre care și al băilor romane, ocupând o suprafață de 800 mp, dar și urmele unor mici ateliere, prăvălii, brutării, etc. Intrarea în cetatea Histria se face și azi pe poarte mare, străjuită de două turnuri, dintre care unul cuprinde însemnate documente epigrafice. Pe pragul porții, construit din blocuri de piatră, se văd urmele a două rigole tăiate special pentru a înlesni intrarea vehiculelor în oraș. În afara porții mari, mai există o poartă mică. Între ele se află turnul cel mare al cetății care servea ca depozit de muniții.
Spre lac se afla cartierul cel mai bogat al așezării. De aici o stradă se îndreaptă spre nord, către zona unde au fost dezgropate o serie de monumente importante din epoca romano-bizantină. Acestea sunt o indicație că în decursul veacurilor IV-VI e.n. viața urbană și-a reluat cursul ei oarecum normal. Cu timpu, populația Histriei și-a îndreptat tot mai mult atenția spre agricultură și spre comerțul cu populația dobrogeană. Împotmolirea golfului, devenit lacul Sinoe, i-a întors orașului fața de la mare spre uscat. A început procesul de ruralizare. În anul 587, Dobrogea a trecut prin focul invaziei avarilor. La începutul sec. al VII-lea orașul Histria nu mai era locuit decât sporadic. Din anii 630-640, Histria nu a mai fost locuită. Ea constituie azi obiect de cercetare pentru oamenii de știință, dar și un obiectiv turistic mult vizitat.
