Specialiștii susțin că biserica a fost construită la 50 de ani de la moartea poetului național al României de catre un grup de intelectuali coordonat de Camil Petrescu, la inițiativa istoricului Nicolae Iorga. Este singura biserică din lume închinată memoriei unei mari personalități și singurul lăcaș de cult al Bisericii ortodoxe unde sfinții sunt reprezentați cu aureolele negre. Sfinții și îngerii zugrăviți pe pereții acestui lăcaș au, toți, aureole negre. Faptul în sine este tulburător, iar la o primă reflecție pare chiar o sfidare, aproape eretică, a simbolisticii bisericești. Căci, se știe, din punct de vedere canonic, aceste aureole au semnificația harului divin, al emanației de lumină și slavă dumnezeiască, de care numai sfinții și îngerii sunt în stare, prin mandat divin.
La biserica din Ipotești, numită de localnici „biserica Eminescu”, aureolele luminoase au fost înlocuite cu nimburi negre, apocaliptice. Dimensiunea spirituală a acestui mesaj este copleșitoare, căci te duce cu gîndul la expresia unei vinovății grave, care ne vizează pe toți. Nimburile negre ale sfinților de la Ipotești sunt expresia unui păcat național, căci, cu puține luminoase excepții, întreaga națiune a consimțit, într-un fel sau altul, la batjocorirea ființei sau memoriei lui Eminescu. Nu știu dacă cei care au ridicat „biserica Eminescu” au avut cunoștință sau doar au întrezărit adevărul despre viața și moartea lui Eminescu, dar mai mult ca sigur au intuit grozăvia unei nedreptăți cosmice
”Sfinții poartă doliu pentru Eminescu. Așa au fost concepuți. Aici, la Ipotești, după moartea poetului, până și mucenicii și tot cosmosul întruchipat poartă doliu, pentru destinul tragic al lui Eminescu”, povesteșteValentin Coșereanu, cercetător la Memorialul Ipotești.
În anul 1847, Raluca (Iurașcu) Eminovici (1816-1876), mama lui Mihai Eminescu și soția căminarului Gheorghe Eminovici (1812-1884), a cumpărat mica bisericuță de lemn din cătunul Ipotești, cu 250 de galbeni, de la boierul Theodor Murguleț. Faptul este menționat într-o scrisoare din 14 aprilie 1909 a lui Matei Eminovici către Corneliu Botez. Bisericuța a devenit astfel lăcaș de rugăciune al familiei, dar ea a continuat să fie folosită ca biserică a satului Ipotești și după cumpărare. Salariul preotului era plătit de Gheorghe Eminovici, care deținea moșia din Ipotești. Biserica avea hramul Sfinții Arhangheli Mihail și Gavril.
În 1878, moșia a fost vândută, din cauza datoriilor, familiei de boieri Papadopol. În spatele bisericuței de lemn, lângă altar, au fost înmormântați Gheorghe și Raluca Eminovici - părinții poetului, Nicu (1843-1884) și Iorgu (1844-1873) - doi dintre frații poetului.
În interiorul micuței biserici (care a fost înscrisă pe lista monumentelor istorice în 2015) se păstrează vechile icoane și cristelnița în care a fost botezat Mihai Eminescu (adusă de la Biserica Uspenia din Botoșani), veșmintele preotului care l-a botezat, masca mortuară, icoane ale copilăriei lui, o icoana greco-catolică primită în dar la 20 de ani, lingurița de argint cu care primea împărtășania, mucarnița din argint și obiecte de cult pe care se presupune că le-a lucrat mama lui. Pe peretele vestic al bisericii a fost amplasată o placă memorială de marmură cu următoarea inscripție: „Bisericuța familiei Eminovici, construită înainte de anul 1800. În preajmă se află mormintele părinților poetului și fraților săi, Nicu și Iorgu”.
În prezent, aici se mai oficiază slujbe de patru ori pe ani: la 15 ianuarie (aniversarea nașterii poetului), la 15 iunie (comemorarea morții poetului), de Înălțarea Domnului și la 8 noiembrie (de hramul Sfinților Arhangheli Mihail și Gavriil).
